학교간 서열화를 극복하고, 학생 진로와 연계된 고교교육의 수평적 다양화를 실현하기 위해 자율고(자율형 사립고, 자율형 공립고) 제도 개선을 추진하고, 특목고에 대한 지도․감독도 강화할 계획이다.
 

자사고는 건학이념이 뚜렷한 사립고를 대상으로 학교 운영상의 자율성을 확대하여 다양하고 특성화된 교육을 실시하고자 도입되었으나, 일부 자사고는 여전히 입시위주의 교육을 실시하는 등 당초 설립취지와 달리 운영된다는 문제점이 제기되어 왔으며, 특히, 현행 자사고 제도를 유지하는 한 일반고 교육의 정상화와 중학교에서의 꿈과 끼를 살리는 교육이 어렵다는 지적이 많았다.

모든 일반고에 교육과정 편성․운영 자율성이 보장되고 재정지원이 이루어짐에 따라 자공고는 지정기간(5년) 종료 후 일반고로 전환한다. 또한, 일반고에 앞서 우선 선발함으로써 특혜라는 지적이 있었던 자공고의 후기 우선 선발권은 ‘15학년도부터 폐지된다.
 

평준화지역에 소재하는 자사고(39교*)는 ‘15학년도부터 성적 제한 없이 ‘선지원 후추첨’ 방식으로 학생을 선발하며, 사회통합전형(舊 사회적배려대상자 전형)은 폐지한다. (서울 24교, 부산 2교, 대구 4교, 광주 2교, 대전 3교, 울산 1교, 경기 1교, 전북 2교)
 

비 평준화지역에 소재하는 자사고(5교*)는 종전과 같이 학생을 선발할 수 있도록 하고, 사회통합 전형도 기존대로 유지된다. (하늘고, 용인외고, 북일고, 김천고, 은성고)

舊 자립형 사립고는 기존 학생 선발권을 인정하되, 사회통합 전형을 신규로 도입한다.(현대청운고, 민사고, 상산고, 광양제철고, 포항제철고)
 

평준화지역에 소재하는 舊 자립형사립고(하나고, 현대청운고, 상산고, 포항제철고)는 종전처럼 학생 선발권을 유지하거나 선지원 후추첨으로 전환하는 방안 중 하나를 선택하도록 하되, 학생선발권을 유지하는 경우에는 사회통합전형을 도입한다.

특목고도 당초 지정목적에 맞게 운영되는지 여부를 철저히 지도․감독할 계획이다. 성과평가 기한(5년)이 도래하기 전이라도, 외고․국제고에서의 이과반, 의대준비반 운영 등과 같이 교육과정을 부당하게 운영하는 경우에는 제도적 기반을 마련하여 지정을 취소할 방침이다.
 

교육부는 시안 중 교육과정 개정안(필수이수단위 축소 등)과 자사고 자율권 확대 및 학생선발 방식 개선안을 중심으로 권역별 공청회 등을 통해 의견을 수렴하고, 최종안을 오는 10월중에 확정‧발표할 예정이다.