민사고는 전국 단위로 165명 이내를 선발하는데, 횡성 인재 육성을 위하여 1명을 정원 이내에서 선발할 수 있다. 다른 자사고와는 달리 사회통합전형을 실시하지 않는다.

민사고 원서접수는 9월 7일부터 9월 14일까지이며 면접전형일은 10월 22일부터 10월 25일이다.

1단계는 교과 성적으로 지역 균형을 고려하여 입학 정원의 3배수 이내를 선발하고, 반영 과목 및 가중치는 국어, 수학, 영어, 과학 각 5, 사회 3, 도덕 2, 선택과목 2, 기술가정, 음악, 미술, 체육 각 1이다. 과목별 성취도는 A등급이 100점, B등급 90점, C등급 80점, D등급 70점 등으로 환산점수를 부여한다.

1단계 전형에서 모든 지원자의 내신 성적을 동일하게 비교하는 것이 아니라, 시군구별로 지원자들을 나눠 그 안에서 내신을 비교해 선발할 수 있다는 의미로, 최종 합격자 선정 과정에서도 전국 단위 모집 취지를 살리기 위해 지역적으로 고르게 합격자가 분포할 수 있게 선발할 수 있다는 뜻이기도 하다.

다만, 지원자의 실력을 고려하지 않고 기계적으로 지역 할당을 해 선발하지는 않으며, 다른 조건이 같다면 지역을 고려해 선발할 수 있다는 말로 이해할 수 있다.

2단계는 1단계 교과점수 100점과 서류심사 점수 100점을 합산하여 입학정원의 2배수 이내를 선발하며, 3단계는 2단계 합격자를 대상으로 2단계 점수 50점과 면접으로 학습능력 및 영재성(발전가능성)에 대하여 집단 또는 개별 면접, 그리고 체력 검사(달리기, 남학생은 4km, 여학생은 3.6km, 기준 시간 30분)를 실시하여 1, 2, 3단계 전형 결과를 종합 심사하여 최종 합격자를 선발한다.

단, 이공계 인재 육성을 위하여 3단계 전형에서 과학영역을 면접과목으로 선택한 경우 영어 영역의 반영 비율을 낮추고, 수학 및 과학영역의 반영 비율을 높게 적용하여 선발할 수 있다. 면접 전형에 응시하지 않은 자는 모두 불합격 처리한다.

민사고는 2015 대입 진학 현황을 학교 홈페이지에 공개했는데, 국내 대학에는 서울대 37명, 성균관대 17명, 연세대 10명, 고려대 9명, 카이스트 8명, 중앙대 3명, 경희대, 한림대, 한양대 각 2명, 이화여대, 경북대, 전북대, 전남대, 영남대 각 1명 등 95명이 진학했으며, 해외 대학으로는 42명(Oxford 4명, Yale 2명, Stanford 2명, Princeton 1명, Columbia 2명, Cornell 2명, Pennsylvania 3명, UCLA 1명, Imperial College London 2명, Duke 3명 등)이 진학했다.